Sys3D : un outil de diagnostic des bioagresseurs de la tomate et de la vigne

Le projet Lycovitis a pour objectif de tester la faisabilité et l’intérêt de créer un outil de diagnostic universel permettant d’identifier les maladies et les ravageurs de l’ensemble des cultures. Nous nous sommes concentrés sur deux cultures importantes, la tomate et la vigne, et avons créé un prototype basé sur le diagnostic morphologique et moléculaire. Nous avons évalué les coûts de mise au point, les verrous conceptuels et technologiques, et essayé de déterminer si un tel outil répondait à la demande des professionnels de la protection des plantes.

Maladies de la tomate. Symptômes de pourriture sur fruits provoquée par Alternaria tenuis (champignon phytopathogène). Affaiblissement des tissus de la zone pédonculaire du fruit qui se couvre d'une moisissure noire.. © Inra, BLANCARD Dominique
Par Valérie Laval
Mis à jour le 09/11/2017
Publié le 09/11/2017
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Valérie Laval, comment est née l’idée de l’outil de diagnostic Sys3D ?
Sys3D est né du constat qu’en santé des plantes la demande en diagnostic était très faible. Paradoxalement, réaliser un diagnostic correct confirmé par une analyse est fondamental dans le contexte de réduction des intrants et de durabilité de la santé des plantes.
Pour faciliter l’accès à l’analyse, nous avons testé la faisabilité et la pertinence d’un outil universel de diagnostic utilisable sur le terrain.
Pour cela, le projet Lycovitis a été monté pour appliquer ce concept à la vigne et à la tomate deux cultures importantes et très étudiées à l’Inra.

À quelles cultures et quels bioagresseurs s’applique l’outil de diagnostic ?
Le projet Lycovitis s’applique à la tomate et à la vigne et prend en compte tous les ravageurs et maladies de ces cultures au niveau mondial.
Ainsi les bioagresseurs concernés sont les virus, les phytoplasmes, les bactéries, les champignons, les nématodes, les insectes et les acariens.
Nous avons voulu tout d’abord nous concentrer sur deux modèles végétaux bien différents, de par leurs biologies et les pratiques culturales, pour tester la pertinence et la faisabilité de cet outil.

Comment fonctionne l’outil et qui en seront les utilisateurs?
Lycovitis est un outil informatique d’agrégation de connaissances. Il s’articule autour d’une base de données morphologique et moléculaire et d’une interface web didactique dédiée à la reconnaissance des maladies et ravageurs par l’image.
L’ensemble est accessible via une interface web qui permet de consulter l’ensemble des connaissances réunies. Un dialogue entre les deux bases permet de commencer par un diagnostic par l’image puis de confirmer le résultat obtenu par une analyse moléculaire. L’inverse étant également possible bien que moins pertinent du point de vue du diagnostic.
Pour le moment l’analyse moléculaire nécessite toujours le recours à un laboratoire en attendant la mise sur au point d’un séquenceur portatif accessible et performant qui serait utilisable sur le terrain.

Pour en savoir plus :
http://www.rsyst.inra.fr
http://ephytia.inra.fr

Maladies de la tomate. Symptômes de pourriture sur fruits provoquée par Alternaria tenuis (champignon phytopathogène). Affaiblissement des tissus de la zone pédonculaire du fruit qui se couvre d'une moisissure noire.. © Inra, BLANCARD Dominique

En savoir plus

> Contact : Valérie Laval
> Responsables : Valérie Laval et Jean-Claude Streito
> Participants : J.-M. Armand, P. Chaumeil, P. Portier, E. Grenier, E. Pierre, G. Genson, D. Blancard, A. Franc, M. Le Saux,
T. Candresse, A. Marais, X. Foissac, J.-L. Danet, P. Castagnone, S. Fournet, E. Danchin, D. Esmenjaud, J. Gaudin.
> Partenaires : Cirad, Anses-LSV, RFSV, RMT VegDiag, Junior entreprise Jema.

Résultats du projet LYCOVITIS présenté au séminaire SMaCH du 10/11/2017