Nouveaux outils pour le diagnostic végétal

L’action clé Sys3D (Systématique pour la Détection, le Diagnostic et l'iDentification) du métaprogramme SMaCH a pour but de créer des outils rapides et fiables pour le diagnostic en santé des végétaux. Cette action a été présentée et lancée au cours du premier workshop sur les nouveaux outils pour le diagnostic végétal, organisé par le Réseau Français pour la Santé Végétale (RFSV) qui s’est tenu à Angers, dans les locaux du GEVES (Le Groupe d'Étude et de contrôle des Variétés Et des Semences) les 28 et 29 mars 2013. Le workshop fut un succès, suivi par plus de 100 professionnels de la santé des plantes. Une table ronde sur Sys3D a été organisée en clôture du workshop. Les débats autour de la faisabilité d’un outil universel de diagnostic ont été animés. Il ressort des discussions qu’un tel outil construit autour d'une base de données la plus complète possible est indispensable pour la recherche et les laboratoires. Il devra servir au développement d'outils appliqués au terrain. Pour une plus grande efficacité, les recherches seront concentrées dans un premier temps sur deux cultures, dont la tomate.

DIAGNOSTIC de plantes.. © inra
Mis à jour le 13/05/2013
Publié le 25/04/2013

Au cours de ce workshop sur les nouveaux outils pour le diagnostic végétal les dernières innovations en matière d’outils de diagnostic (application smartphones, séquençage haut débit, Luminex, Videometer, LAMP, digital PCR...) ont été présentées soit de façon académique, soit au cours d’ateliers pratiques. Les chercheurs de l'Inra sont intervenus sur des sujets aussi variés que l’identification par barcoding et les Nouvelles Générations de Séquenceurs (NGS) (J.Y. Rasplus, Montpellier), le diagnostic via les technologies de l’information et de la communication (D. Blancart, Bordeaux), l’utilisation de l’infra-rouge pour le diagnostic (M. Siegwart, Inra Avignon) ou l’utilisation des NGS dans la détection des virus (T. Candresse, Inra Bordeaux).

L’action clé Sys3D, dont le but est de faire émerger des outils de détection, de diagnostic, et d’identification universels et performants, a été présentée le 28 mars. Une table ronde s'est tenue le lendemain en clôture du workshop pour réfléchir sur les besoins en outils de diagnostic et les façons les plus efficaces de collaborer à leur réalisation. Plus d’une centaine de participants impliqués dans le diagnostic ont assistés à la présentation de Sys3D. Étaient présents, les utilisateurs d’outils de diagnostic, agronomes et techniciens de la protection des plantes, les laboratoires d’analyse, les équipes de recherche ainsi que les sociétés spécialisées dans l’équipement et les tests de diagnostic.

La table ronde a réuni une trentaine de personnes, également d’univers variés. Les débats autour de la faisabilité et de l’utilité d’un outil de diagnostic universel ont été animés. Il ressort des discussions qu’un outil universel de diagnostic est indispensable pour la recherche et les laboratoires mais assez peu adapté au terrain. Il devrait s’articuler autour d’une base de données la plus complète possible regroupant des données morphologiques et moléculaires sur tous les organismes impliqués dans la protection des plantes. La base de données qui servira d’appui au développement de l’outil, est le point central de l’action Sys3D. Elle devra être utilisée en parallèle pour la création d’outils adaptés au terrain. La base de données du réseau INRA de systématique R-syst, servira de point de départ. Cependant, face au challenge qu’est l’implémentation d’une telle base, il est apparu nécessaire d’établir des priorités. Les débats ont fait ressortir que l’entrée par culture semblait être la plus pertinente. Dans un premier temps les efforts de recherche seront concentrés sur deux cultures dont la tomate.

L’équipe d’animation de Sys3D va s’appuyer sur le bilan des discussions pour établir un plan d’action. Une réunion des partenaires potentiels identifiés lors du workshop sera organisée afin de définir plus précisément les axes de recherche, organiser les travaux et rechercher des financements.

  

Contact :
Jean-Claude STREITO
Jean-Claude.Streito@supagro.inra.fr